Khảo sát hiện trạng khu vực sông Cầu; Ứng dụng mô hình Mike 11 xác định khả năng chịu tải của sông Cầu gồm: Các phương trình cơ bản của mô hình Mike 11, yêu cầu số liệu đầu vào của mô hình, điều kiện ổn định, hiệu chỉnh và kiểm định mô hình và xác định khả năng chịu tải của sông Cầu; Đề xuất giải pháp kiểm soát các nguồn gây ô nhiễm như: kiểm soát và quản lý các nguồn xả thải của khu công nghiệp, nguồn xả thải sinh hoạt và nguồn ô nhiễm phân tán.